艾灸的作用机制既依赖热效应，也与烟雾中的成分相关，但热效应是主导因素，烟雾仅起辅助作用。艾灸通过燃烧艾草产生的温热刺激与烟雾中的挥发性物质共同作用于人体，其疗效是二者协同的结果，但热力渗透与穴位刺激是核心机制。
从热效应来看，其一，温热刺激可扩张局部毛细血管，促进血液循环，加速代谢废物排出，缓解肌肉痉挛与疼痛。其二，热力能激活皮肤温度感受器，通过神经反射调节脏腑功能，例如艾灸足三里可增强胃肠蠕动。其三，持续温热可降低皮肤痛觉敏感性，抑制炎症因子释放，对慢性疼痛如关节炎有改善作用。其四，热力促进药物成分渗透，若艾条中添加药物，温热可加速其经皮吸收。其五，热效应通过调节自主神经，影响内分泌系统，例如艾灸关元穴可调节性激素水平。
烟雾的作用则体现在，其一，艾烟含桉油精、樟脑等挥发性物质，具有抗菌、抗炎作用，可辅助清洁创面。其二，烟雾中的黄酮类化合物可清除自由基，减轻氧化应激损伤。其三，艾烟的特殊气味通过嗅觉神经影响大脑边缘系统，产生镇静效果。其四，烟雾颗粒可刺激呼吸道黏膜，增强局部免疫力，但需控制浓度以避免刺激。其五，传统理论认为艾烟有“开窍”作用，可引导热力深入经络，但现代研究尚未完全证实。
需注意，艾灸疗效受体质、穴位选择、操作方法等因素影响。若出现皮肤过敏、头晕等不适，应立即停止并就医。慢性病患者或孕妇使用艾灸前需咨询医生，避免自行操作延误病情。
