可以应用医用生理盐水做鼻腔冲洗治疗，将真菌的分泌物冲洗掉，如果同时伴有打喷嚏，鼻子痒等等一些过敏表现，可以应用鼻喷激素进行喷鼻治疗，常用的药物有曲安奈德鼻喷雾剂，雷诺考特鼻喷雾剂等等之类的。口服或者静脉应用抗真菌药物临床上不提倡首先应用，有的患者也可以应用含有真菌的药液进行鼻腔冲洗治疗，但是这种做法必须在临床医生的指导之下进行的。
绝大多数真菌性鼻窦炎是需要进行手术治疗的，应用药物治疗效果普遍不是很好，手术需要开放窦口，将窦内的真菌团块清除掉，避免真菌进一步生长繁殖。
真菌性鼻窦炎的治疗可依据病情特点分层进行。对于鼻腔内存在真菌分泌物的情况，可采用医用生理盐水进行鼻腔冲洗，以清除分泌物、清洁鼻腔环境。若患者同时伴有打喷嚏、鼻痒等过敏症状，可联合使用鼻用糖皮质激素喷雾，如曲安奈德鼻喷雾剂或布地奈德鼻喷雾剂（即雷诺考特）等，以减轻局部炎症反应。临床上一般不优先推荐口服或静脉使用抗真菌药物，部分患者可尝试含抗真菌成分的药液冲洗，但这一方案必须在医生严格指导下进行，切勿自行操作。
需要强调的是，绝大多数真菌性鼻窦炎通过药物治疗难以彻底缓解，手术仍是主要的治疗方式。手术的目的在于开放窦口、清除窦腔内的真菌团块，从而阻断真菌的持续生长与繁殖。术后仍需定期复查，配合鼻腔护理以促进恢复。
