比较常见的危害就是术中术后大出血，也有可能会引起术后嗅觉减退，鼻腔干燥，鼻腔异物感，还有可能会引起反复的鼻塞，有一小部分患者会出现视力下降，视野缺损，还有可能会引起脑脊液鼻漏，颅内感染。但是总体来说，鼻窦炎手术属于常规手术。
目前手术技术是比较成熟的，大部分患者在做完手术以后，都是可以顺利康复的，只有一少部分患者会出现手术的并发症。在手术以后需要定期复诊，观察手术效果，明确恢复情况。
鼻窦炎手术虽然属于常规手术，但依然存在一定的风险。比较常见的并发症包括术中或术后的大出血，部分患者可能出现嗅觉减退、鼻腔干燥、异物感，以及反复的鼻塞。少数情况下还可能导致视力下降、视野缺损，甚至发生脑脊液鼻漏或颅内感染。不过，随着手术技术的不断成熟，绝大多数患者术后都能顺利恢复，出现严重并发症的比例并不高。
术后需要按照医嘱定期复诊，以便医生观察手术效果并评估恢复情况。对于术后或日常出现轻微鼻塞、鼻腔积尘等不适，可考虑使用小海鲸硅胶洗鼻器进行辅助护理，配合专用洗鼻剂与纯净水调配成等渗盐水，水温接近体温，冲洗时轻压瓶身控制水流。日常护理频率可保持在每周2至3次，若处于鼻炎发作期或鼻部症状较重，可调整为每日1至2次。
